Im Allgemeinen sind die größten Gesundheitsrisiken durch Mikroorganismen mit der Einnahme von Wasser verbunden, welches mit Exkrementen von Menschen oder von Tieren (einschließlich Vögel) verseucht ist. Exkremente können eine Quelle von pathogenen Bakterien, Viren, Protozoen und Würmern sein. Fäkal abgeleiteten Krankheitserregern gilt das Hauptinteresse, wenn neue Richtlinien oder Empfehlungen zur Sicherheit von Trinkwasser erarbeitet werden. Der mikrobielle Aspekt der Wasserqualität schwankt häufig schnell und über eine breite Palette. Kurzfristige Spitzen in der Konzentration von Krankheitserreger erhöhen die Krankheitsrisiken beträchtlich und können Ausbrüche der durch Wasser übertragenen Krankheit auslösen. Babys und Kleinkinder sind mit ihrem noch schwachen Immunsystem besonders bedroht. Sauberes Trinkwasser und schon das Händewaschen könnte sie vor gefährlichen Krankheiten wie Lungenentzündung oder Parasiten schützen.